走入園區，首先接觸到的就是花園區，順著「山仔頂大道」直行，首先會抵達「宮之森圓環」，圓環內原有共有八棵日治時期栽種的琉球松，然因年歲久遠，又曾為病蟲所害，目前僅存1株。

「山仔頂大道」是沿用舊地名，博物館區所在區域，習稱「山仔頂」，至於圓環名稱「宮之森」，則是因為日治時期，水道建設完成後，日人曾在此地規劃一處高爾夫球場並在台南水道水源地內設置一座9洞的高爾夫球場，因為伏見宮博義王於1933年7月曾造訪此處，於是此高爾夫球場後來被稱作「宮之森高爾夫球場」，如今高爾夫球場已經作廢，但因為原本規劃，整片區域綠意盎然，地勢平緩，是戶外休閒最佳去處。

花園區東南側規劃藝術花園，園區遍植各種草花及灌木，山仔頂大道旁整排玉蘭花，營造出繽紛多彩的視覺景觀。